Formování Islámského centra v Praze spadá do počátku devadesátých let minulého století. Zárodek budoucí organizace se však začal vytvářet již dříve, když se skupina praktikujících muslimů v Praze začala scházet k pátečním bohoslužbám. První společná páteční kázání se uskutečnila již v průběhu roku 1989, a to v různých společenských místnostech, pronajímaných pouze na páteční odpoledne.
V prvních letech probíhala ve skromných a provizorních podmínkách. Začínalo se v jedné školní místnosti na velvyslanectví Egypta. Pak se páteční bohoslužby stěhovaly, většinou po několika měsících až půl roce, z místa na místo. Probíhaly na studentských kolejích (značná část praktikujících muslimů byla z řad zahraničních studentů), např. na Koleji Arnošta z Pardubic a na Koleji 5. května (nyní Švehlova kolej). Využívalo se také společenských nebo sportovních sálů – např. na Střeleckém ostrově, v Žitné ulici, v Gorazdově ulici – pronajímaných vždy jen na páteční bohoslužbu.
V roce 1992 začaly být trvale pronajímány prostory pro muslimskou komunitu. Bylo to v ulici U Michelského lesa 366 v Praze 4, Krči, nejprve jménem Svazu muslimských studentů, který byl registrován krátce před Nadací. Od roku 1993 již tuto modlitebnu spravovala Islámská nadace v Praze, která byla v 90. letech registrována pod starým názvem Nadace pro zřízení a provoz islámského centra v Praze. Jednalo se o první stále otevřenou a veřejně přístupnou muslimskou modlitebnou v poválečném Československu.
Aktivity Nadace se postupně rozšiřovaly. Islámské centrum začalo sloužit muslimům celotýdenně jako místo k setkávání, modlitbám a studiu a pozvolna začalo působit i jako osvětové centrum jak pro muslimy, tak pro nemuslimskou veřejnost. I když byla pronajímaná plocha několikrát rozšiřována (celková plocha modlitebny byla 116 m2, malá modlitebna pro ženy 17 m2, kanceláře 33 m2), postupem času se ukázalo jako nutné zřídit větší modlitebnu, s větším zázemím.
V roce 1996 získala Nadace pozemek v Praze 9 – Kyjích, se starou, dlouho nevyužívanou dvoupodlažní budovou, dříve sloužící jako mlékárenský provoz. Žádost o rekonstrukci měl předchozí majitel objektu, firma Pragold Praha s.r.o. již podánu, a jelikož celá tato firma přešla do majetku Nadace, jako stavitel až do kolaudace figurovala firma Pragold. Projekt rekonstrukce byl během stavby významně změněn, především přístavbou třetího podlaží. Rekonstrukce budovy byla dokončena na jaře roku 1999 a provoz nového islámského centra byl slavnostně zahájen 7. 5. 1999 páteční bohoslužbou.
Od 90. let až do roku 2002 byly významnými osobnostmi v pražské muslimské komunitě i někteří studenti doktorského studia na pražských vysokých školách. Mezi ty, kteří zastávali pozici imáma v Pražské mešitě a nejvíce se zapsali do paměti muslimů, patřili Chálid al-Hakímí z Jemenu a Egypťané Džamál Abú Badawí, Chálid Šáfí a Ahmad Abdulazíz Melegy. V roce 2001 přichází do Pražské mešity do funkce imáma šejch Karam al-Badawi z Egypta, který byl vůbec prvním islámským teologem dlouhodobě působícím v České republice. Zhruba po šesti letech jeho pobytu v Praze jej střídají dva noví imámové, Ahmad al-Khadhmi z Jemenu a Emir Omič z Bosny.
Islámské centrum v Praze, nazývané někdy také jako Pražská mešita, je sídlem nejen Islámské nadace v Praze, ale také Svazu muslimských studentů, Muslimské obce v Praze a Ústředí muslimských obcí v ČR.
Objekt pražského islámského centra je dvoukřídlá budova, přičemž v kratším křídle se ve dvou podlažích nacházejí umývárny a toalety pro muže a ženy. Hlavní část objektu je pak trojpodlažní. V jednom podlaží je oddělení pro ženy, výuková místnost (sloužící i jako jídelna), kuchyně a přípravna jídel. V dalším podlaží je hlavní modlitebna, přijímací místnost pro návštěvy a kancelář Nadace. Ve třetím podlaží je druhý modlitební sál, který slouží také jako místnost pro přednášky, dále je tu byt a knihovna se studovnou.
Dne 1. 7. 2003 otevřela Islámská nadace v Praze také Informační kancelář s modlitebnou v centru Prahy (celkem 144 m2 v ul. Politických vězňů 14) a od roku 2004 také Islámské centrum v Teplicích v sev. Čechách.
Cílem činnosti Islámské nadace v Praze je naplňovat potřeby praktikujících muslimů z Prahy a širokého okolí, charitativní činnost a osvětová činnost.
Pražská mešita a Informační kancelář s modlitebnou v centru Prahy jsou otevřené sedm dní v týdnu, aby do nich mohli přijít všichni muslimové bez rozdílu, zájemci o islám z řad nemuslimů i zájemci o návštěvu a prohlídku Islámského centra. Konzultace a skupinové návštěvy je lépe domluvit předem telefonicky. V obou prostorách jsou zajištěny páteční bohoslužby. Sestávají z promluvy imáma (kázání) a společné sváteční modlitby. Kázání je pronášeno ve dvou jazycích (arabsky a česky), protože se v mešitě scházejí muslimové nejrůznějších národností. V současné době zde působí dva imámové. Nadace zajišťuje provoz knihovny, pravidelné přednášky, sobotní výuku a program pro děti, program v měsíci ramadánu (každodenní večeře přerušující půst, večerní modlitby taráwíh, nocování v mešitě v posledních 10 dnech ramadánu, soutěže apod.), oslavy muslimských svátků, islámské sňatky, omývání zemřelých muslimů, pohřby, rituální obřízky chlapců, rady v náboženských otázkách, pravidelné vydávání modlitebních časů a další aktivity.
Pravidelně navštěvuje uprchlické tábory v celé ČR, kde žijí muslimové. Pomáhá formou ošacení, při oslavách svátků, při zřízení modlitebny v táboře, výuce dětí, finanční pomocí apod. Rovněž organizuje sbírky při živelných pohromách v ČR i ve světě.
Jedním z hlavních úkolů Islámské nadace v Praze je pravdivě informovat o islámu a reprezentovat muslimskou komunitu na veřejnosti. Osvěta je zaměřena jak do řad muslimů, tak i směrem k nemuslimské veřejnosti.
Pořádá páteční kázání, lekce z Koránu, jeho výkladu, prorokových výroků a jeho života, přednášky pro české muslimy a zájemce o islám, kurzy arabštiny, přednášky pro veřejnost i na školách, výstavy, organizuje návštěvy škol v mešitě, prezentuje islám a muslimy ve sdělovacích prostředcích, poskytuje konzultace studentům k jejich pracem, setkává se se zástupci jiných náboženství v rámci mezináboženského dialogu, spolupracuje na projektech a výzkumech v oblasti migrace, integrace a multikulturní výchovy. Zvláštní pozornost je věnována spolupráci s médii (vydávání tiskových prohlášení k různým událostem v islámském kalendáři, rozhovory pro tisk, rozhlas, televizi i internetové servery apod.) a také překladům a tisku knih a brožur o islámu. V hlavním městě Praze žije pravděpodobně většina muslimů, kteří se nacházejí v ČR. Na páteční modlitbu zde přichází pravidelně celkem asi 700 muslimů, přičemž v ostatních městech jsou to několikanásobně méně.
Nadace se také snaží ve spolupráci s jinými organizacemi podílet na tvorbě výukových programů (multikulturní výchova, náboženská výchova), které by pak byly využívány samotnými učiteli na školách. Cílem Islámské nadace v Praze je to, aby muslimové u nás byli součástí občanské společnosti a aby v ní byli integrováni, při zachování své identity.